โมเอโระทวินบีสามารถเล่นได้โดยผู้เล่นสูงสุดสามคนพร้อมกัน: ผู้เล่นสองคนแรกควบคุมทวินบี และวินบี (ยานจากเกมภาคก่อน) โดยใช้คอนโทรลเลอร์แฟมิคอมมาตรฐาน ในขณะที่ผู้เล่นคนที่สามควบคุมกวินบี (ยานสีเขียว) โดยเชื่อมต่อคอนโทรลเลอร์เพิ่มเติมลงในพอร์ตขยายของเครื่องเล่น ส่วนแตกต่างจากทวินบีดั้งเดิมที่มีเฉพาะการเลื่อนฉากแนวตั้ง คือโมเอโระทวินบีได้เพิ่มการเลื่อนฉากแนวนอน เกมนี้มีเจ็ดสเตจ โดยสเตจที่ 1, 3, และ 7 เป็นแบบเลื่อนฉากด้านข้าง ส่วนสเตจที่เหลือเป็นแบบเลื่อนฉากแนวตั้ง การควบคุมยังคงเหมือนเดิมระหว่างรูปแบบการเล่นทั้งสองรูปแบบ โดยมีข้อแตกต่างเพียงอย่างเดียวคือในส่วนการเลื่อนฉากด้านข้าง ปุ่ม A จะยิงหัวใจออกจากยานแทนที่จะทิ้งระเบิดลงบนพื้นเหมือนส่วนที่มีการเลื่อนฉากแนวตั้ง ซึ่งช่วยให้ผู้เล่นเก็บกระดิ่งเพิ่มพลังในสเตจเลื่อนฉากด้านข้าง

ไอเทมเสริมพลังหลักของผู้เล่นคือกระดิ่งเปลือยเปล่าโดยการยิงเมฆที่ลอยไปทั่วทั้งด่าน โดยมีกระดิ่งหกแบบในภาคนี้ ได้แก่ กระดิ่งสีเหลืองปกติจะให้คะแนนโบนัสแก่ผู้เล่นตามปกติ, กระดิ่งสีฟ้าจะเพิ่มความเร็วของยาน, กระดิ่งสีขาวอัพเกรดปืนของผู้เล่นให้เป็นปืนใหญ่คู่, กระดิ่งสีชมพูให้ปืนใหญ่ลำแสงเลเซอร์แก่ผู้เล่น, กระดิ่งสีชมพู/ขาวที่กระพริบให้ออปชันยานร่างกระจกเงาแก่ผู้เล่นเพื่อเพิ่มอำนาจการยิง และกระดิ่งสีฟ้า/ขาวที่กระพริบจะล้อมรอบเรือของผู้เล่นด้วยบาเรียเพื่อการป้องกันเพิ่มเติมจากการยิงของศัตรู การเพิ่มพลังบางอย่างจะใช้ร่วมกันไม่ได้ เช่น กระดิ่งสีขาวและสีชมพู การเพิ่มพลังอื่น ๆ สามารถหาได้จากการทำลายศัตรูภาคพื้นดิน เช่น ไอเทมดวงจันทร์และไอเทมดาว ซึ่งทำให้เรือของผู้เล่นสามารถยิงสามทางและห้าทางตามลำดับ หากผู้เล่นสองคนกำลังเล่นเกมนี้ พวกเขาสามารถจัดแนวยานเข้าด้วยกันเพื่อเปลี่ยนปืนให้เป็นเลเซอร์ระลอกคลื่น